Vườn quốc gia nằm trong vùng sinh thái rừng Đại Tây Dương Alto Paraná [1].Hệ động vật của nơi đây bao gồm một số loài có nguy cơ tuyệt chủng như: báo đốm, mèo cây châu Mỹ, heo vòi Nam Mỹ, gấm, vẹt xanh, thú ăn kiến​​, Cracidae, đại bàng Harpy và cá sấu Caiman. Một số loài cũng có thể tìm thấy ở đây như các loài chim: yến và chim Toucan, động vật có vú như Nasua nasua, và sự đa dạng của các loài bướm.

Sông Iguazú kết thúc đổ vào sông Paraná, cách thác Iguazu 23 km, sau một quá trình chảy dài 1320 km. Bên trong vườn quốc gia, thác nước tạo thành một hình chữ U lớn. Các đảo nhỏ trên thác có mật độ cao của các loài thực vật bao gồm cả Vông mồng gà, là quốc hoa của Argentina. Hệ thực vật cũng bao gồm cả tabebuia heptaphylla và tabebuia pulcherrima (họ Bignoniaceae), cũng như cọ và Aspidosperma polyneuron cao tới 40 mét (họ Apocynaceae).